כדאי מאוד לתכנן את מבנה העבודה מראש על ידי בניית תוכן עניינים מפורט, שבו נכתוב כותרות ותתי-כותרות. כדאי שתוכן העניינים יהיה מפורט ככל האפשר, ולכן כל רמות הכותרות יהיו שם: כותרת ראשית של פרק (רמה 1), כותרות המשנה של הפרק (רמה 2), כותרות המשנה של כותרות המשנה (רמה 3) וכך הלאה.
בדרך כלל יש שלוש או ארבע רמות בעבודה סמינריונית. וחמש ואפילו לפעמים שש רמות בעבודת דוקטורט. כל הרמות צריכות להיות כתובות בתוכן העניינים מכיוון שאנחנו כעת בשלב התכנון, ובהמשך הוא ישמש לנו מפה לניווט בעת הכתיבה.
במהלך העבודה סביר שנחליט לשנות את המבנה, לשנות את תוכן הכותרות ואולי להוסיף כותרות או למחוק. תהליך הכתיבה גמיש. טוב שיש תוכנית, אבל אפשר לשנות אותה במהלך הכתיבה שהרי כתיבה היא תהליך הכרוך בחשיבה ובעיבוד הידע שהיה קיים אצלנו קודם וגם ברכישת ידע חדש שאולי נרצה לכלול בעבודה בדרך כלשהי. בכל שינוי שנעשה במבנה העבודה, נעדכן את תוכן העניינים. תוכן העניינים הראשוני והמתפתח הזה איננו תוכן העניינים שייכנס לעבודה המוגשת. בשלב האחרון של העבודה נחזור לתוכן העניינים, אבל הפעם מנקודת מבט שונה. לתוכן העניינים: שלב הסיום